El Programa de Doctorado en Derecho Canónico consistirá en la realización de tres cursos-asignaturas de doctorado, entre los que se incluye "Latinidad Canónica". Para conseguir el doctorado se requiere además una disertación doctoral que contribuya efectivamente al progreso de la ciencia, que haya sido elaborada bajo la guía de un profesor, discutida públicamente, aprobada colegialmente y publicada al menos en su parte principal (Veritatis Gaudium Art. 49 § 2)

El doctorando podrá cursar el doctorado acogiéndose a alguna de estas modalidades:

a) Cursar durante el primer año todas las asignaturas y a partir del segundo año realizar la tesis doctoral.

b) Cursar las asignaturas a la vez que la tesis doctoral desde el primer año, pudiendo escoger el número de asignaturas que desee cada año, hasta completar su totalidad.

Estas asignaturas deberán ser repetidas si, transcurridos tres años de la última asignatura realizada, no se ha procedido a la defensa de la tesis. Igualmente deberán ser nuevamente cursadas, si pasados cinco años de la inscripción de la tesis doctoral, no se ha procedido a su defensa.